Die gegenwärtige Geschichte des Protestantismus in Lyon ist eng mit der Region selbst verwoben, und ihre Wurzeln reichen tief in das 16. Jahrhundert zurück. Nach der Reformation gewannen die ersten protestantischen Ideen durch Bekennerische Händler und Gewerbetreibende langsam Anklang. Lyon, als bedeutendes Handelszentrum, bot eine günstige Umg